Un arrecife es la estructura rocosa sobre la plataforma submarina, que ha sido formada por los esqueletos de los corales y otros organismos marinos. Otras palabras que se emplean para el arrecife son cayo y bajo. No todas las especies de corales forman arrecifes. Algunas especies viven en áreas profundas donde no hay arrecifes. Otras especies no crecen lo suficientemente rápido o de forma maciza como para formar arrecifes. Las especies que forman arrecifes se conocen como corales hermatípicos. Entre estas están los géneros Acropora, Montastraea, Diploria, Porites y Agaricia, entre otros.
El exoesqueleto calcáreo es lo que en realidad forma el armazón del arrecife. A medida que van muriendo los corales, se quedan los restos calcáreos de los esqueletos sobre los cuales crecen nuevos corales. Además, a medida que los pólipos se reproducen asexualmente, el coral aumenta de tamaño y en consecuencia el arrecife crece. Al igual que en el coral, la porción coralina viva de un arrecife se encuentra en la superficie. La base y la parte interna del arrecife están formadas por los esqueletos de corales muertos que existieron hace cientos y miles de años.
Las montañas en la costa norte de Puerto Rico, que conocemos como mogotes o el carso norteño, son los restos de arrecifes de coral que existieron hace 25 millones de años en lo que hoy conocemos como el Mar Caribe. Debido a diferentes procesos geológicos estos arrecifes quedaron expuestos formando los mogotes de San Sebastián, Lares y Ciales y los montes calizos de Guayanilla y Ponce en el sur. Los fósiles de los corales y de otros organismos que vivieron en dichos arrecifes los podemos ver en los cortes de las montañas y a lo largo de las carreteras en esos lugares.
